在1856年6月份，太平軍西征取得了輝煌的勝利，楊秀清也因此被勝利衝昏了頭腦，權力越來越惡性的膨脹，急於廢除洪自立。在8月份，楊秀清召洪秀全到東王府，逼迫他封自己爲“萬歲”，使領導人之間的矛盾迅速激化。於是洪秀全召喚韋昌輝、石達開等人速回。在9月1日，韋昌輝帶領3000精兵包圍了東王府，將楊秀清以及他的所有家人都殺了。在4日，韋昌輝誘殺在天京的東王的部下各級人員以及他們的家屬5000人。東王部屬起兵反抗，雙方展開了血戰，歷時兩個多月，雙方一共被殺二、三萬人，太平天國中許多中上層幹部都死於這場自相殘殺的內亂之中。
9月中旬時候，石達開回到天京，對韋昌輝的濫殺無辜感到十分的不滿，極力的反對他，並且要求天王嚴懲韋昌輝。於是韋昌輝有起了殺心，要殺害石達開，石達開逃往了安慶，韋昌輝就將石達開留在天京的家人全部殺死。石達開在安慶召集了4萬軍隊，想要討伐韋昌輝，同時洪秀全和朝內將士也認清了韋昌輝的真面目，便誅殺韋昌輝。在11月2日，韋昌輝被殺，他的首級被送往安徽石達開營中驗收，燕王秦日綱以及陳承瑢不久也被處死，天京事變暫告一段落。
在天京事變後，天平天國內的人心開始渙散，軍事形勢也出現了逆轉，清軍逐漸在各種戰事中取得勝利，太平天國的控制範圍也越來越小，即使後來太平軍攻下江浙一帶，它的形式也是一直處於下風。在天京事變中，北王韋昌輝去世後，翼王石達開開始執政，而天王洪秀全開始重用其他兄弟來牽制石達開，激發石達開在1857年時帶領軍隊出走，更加令太平天國雪山加霜。
除此之外，太平天國初期的政制，在天京事變以及翼王出走後已經名存實亡。後期的太平天國，天王雖然掌握實權，但是當時的政府已經較爲混亂，這加速了太平天國的滅亡。
在天京事變中，東王楊秀清、北王韋昌輝先後被殺，翼王石達開也出走敗亡。天京事變嚴重地削弱了太平天國的領導和軍事力量，成爲了太平天國由盛轉衰的重要轉折點。但是天京事變並沒有損傷太平天國的實力，這主要表現在軍事力量上。而精神和思想方面的損失纔是最嚴重的。
