漢朝是繼秦朝以後歷史上一個大一統的朝代，分爲“西漢”(公元前202年—公元9年)與“東漢”(公元25年—公元220年)兩個歷史時期，後世史學家亦稱兩漢。漢朝官制內容豐富，包括西漢官制和東漢官制，有中央官制，也有地方官制。這時期，封建地主階級爲了加強中央集權和君主專制的統治，在職官制度上確立了中央朝廷的三公九卿制和繼續實行地方的郡國並行制。三公九卿制在秦朝只是初具架構，這一制度到漢代時得到進一步的調整和完善。
漢朝是中國歷史上繼短暫的秦朝之後出現的朝代，分爲“西漢”(公元前202年—公元9年)與“東漢”(公元25年—公元220年)兩個歷史時期，後世史學家亦稱兩漢。西漢爲漢高祖劉邦所建立，建都長安;東漢爲漢光武帝劉秀所建立，建都洛陽。其間曾有王莽篡漢自立的短暫新朝(公元9年-公元23年)。另外，部分學者亦將蜀漢列入漢朝的延續而將其歸入漢朝的一部分，如此漢朝滅亡則是在263年，但大部分說法均將由蜀漢昭烈帝劉備建立的蜀漢政權歸入三國史中。漢朝官制內容豐富，包括西漢官制和東漢官制，有中央官制，也有地方官制，不一而足。這時期，封建地主階級爲了加強中央集權和君主專制的統治，在職官制度上確立了中央朝廷的三公九卿制和繼續實行地方的郡國並行制。三公九卿制在秦朝只是初具規模，由於秦王朝的短命，這一制度在漢代時得到進一步的調整和完善
三公九卿的中央官制爲秦王嬴政接受李斯建議所制，以皇帝爲尊，下有三公，分別爲太尉，管理軍事;丞相，協助皇帝處理全國政事;御史大夫作爲副丞相，執掌羣臣奏章，下達皇帝詔令，並理國家監察事務。
九卿對丞相負責，按其職能，行使權利。九卿其實並不止此數，但按韋昭所說的“漢正卿九”，用秦時的官名分別爲：
奉常，掌管宗廟祭祀，和國家之禮;
郎中令，負責皇帝禁衛(沿用秦時官名);
衛尉，負責皇宮守衛;
太僕，負責皇帝車馬(始置於春秋。秦、漢沿襲);
少府，負責皇帝財政;
廷尉，負責司法;
典客，負責外交和內部少數民族事務;
治粟內史，負責糧食和財政(沿用秦時官名);
宗正，負責皇室事務。
三公九卿制度的基本結構從秦朝一直沿用到兩晉，直至隋文帝創三省六部制。從三省六部制的結構上來看，也無處不有着三公九卿制結構的影子。此後，一直到明代，明太祖皇帝朱元璋廢掉中書省、尚書省及門下省，六部直接對皇帝負責，中國封建歷史中的中央官制三級制度纔算壽終正寢。三公九卿這一制度沿用約達800年，並從結構上影響三省六部制，並左右中國封建中央官制約達700年。可以說，三公九卿制，上承夏商周，下接隋唐宋元，在中國歷史上留下了濃重的一筆。
三公九卿制度雖在結構上沿用了近700年，但在其間，官職的名稱及權利和三公九卿制的部分結構卻一直在變動之中。並且，制度之外其他中央機構的出現也衝擊了三公九卿制。
漢景帝改了大量官名。把“奉常”改爲“太常”;“衛尉”改爲“中大夫令”;“廷尉”爲“大理”;“典客”爲“大行令”;“治粟內史”爲“太農令”，武帝時改爲大司農。武帝時改“大行令”爲“大鴻臚”，“郎中令”改爲“光祿勳”。
上述九卿更名大多沒有影響到他們的職能，至於動機可能是語言變遷而尋求官名的準確。無獨有偶，三公的名稱也有比較大的變化。漢武帝更“太尉”爲“大司馬”，漢成帝綏和元年時更“御史大夫”爲“大司空”，漢哀帝建平二年，又改爲“御史大夫”，漢哀帝時“丞相”更爲“大司徒”。
以上更名在現在我們看來似乎是更名，其實在當時並非是更名，而是另有原因。
比如，大司馬一職，原是霍去病和衛青討伐匈奴，帶去的馬匹有十四萬，但至班師入塞之時卻不到三萬匹，所以任兩人同爲大司馬。而原來的太尉田蚡被太皇太后竇氏下令免官，太尉之職從此長期空缺。再加上，霍去病和衛青二人長期對匈奴作戰，手下兵將極多，久而久之，太尉的職權就逐漸轉移到大司馬。另外，應當瞭解，太尉其實在漢初是不常設的。太尉一職的或置或廢，大都與征伐或時局有關。如漢文帝三年，罷太尉官，歸屬丞相，這年五月就是由灌嬰率軍還擊匈奴的入侵。景帝時，太尉職銜也只恢復了4年。以此爲背景來看，大司馬替代太尉相對來說是比較容易的。
漢武帝時改革了中央官制，把中央官員分爲分爲外朝官、內朝官。外朝官有丞相及丞相之下的各六百石官。而內朝官，或稱中朝官，包括大司馬和左、右、前、後將軍，尚書，以及侍中、散騎、諸吏、諸郎、博士等。所謂內朝官或中朝官就是由皇帝直接差遣，而不專任行政職務的，與行政性質的正規官稱的外朝官相對而言的。
三公之中以御史大夫等級最低，職能也比較模糊，一方面爲丞相之副，一方面供內廷的差遣。
在漢武帝之前，三公九卿制實際已有近代君主立憲的影子。丞相爲主要的治國大臣，丞相府中有個百官朝會殿，皇帝有時也親臨朝會殿與丞相商議國事，或由丞相主持廷議，然後領銜上奏。而日本由首相對天皇負責，天皇聽政則在一千多年後的“明治維新”時期纔有此景象。但與此君主立憲制中不同的是，西漢的大司馬依然對皇帝負責，軍隊依然爲皇帝私人所有，而非國家。
孝武皇帝之前，丞相的位高權重，連皇帝也不能不敬三分。凡丞相進見，皇帝得離坐;丞相病重，皇帝得親臨問疾，並遣使送藥;丞相死後，移歸私第，皇帝車駕往吊，並賜棺，賜葬地，賜冥器等。西漢，皇帝與丞相的衝突在武帝時達到高峯，本來漢武帝對田蚡言聽計從，但田蚡得寸進尺。《資治通鑑》記載：田蚡每次上朝奏事，奏着談上大半天，他推薦人作官，有的位居二千石，把皇上的權利都奪了去(任命官吏是皇帝的權利)，皇帝就對他說：“你任命完了沒有?我也打算任命官吏。” 田蚡曾請求把考工官署的土地撥給他以擴建私宅，武帝發怒：“你爲什麼不乾脆要武庫”從此之後田蚡才稍稍收斂。
由於丞相權位太重，威協了皇權，皇帝很不放心，所以自武帝以後，章奏的拆讀與審議，轉歸尚書檯(令)，從此之後，丞相、太尉、御史大夫雖然都是政權的負責人，但實際權利已向尚書檯。丞相有過失，由尚書問狀彈劾。
相對於秦朝，三公之中職能變化最大的當屬御史大夫了，漢文帝時下詔：“制詔御史，其除肉刑。”從此，御史大夫成爲全國最高的法官和監察官。哀帝時又把御史大夫改叫大司空，再也不當法官了。
西漢時的中央官制改革集中在漢武帝時期。這次改革始於與太皇太后對抗時期，是以政治鬥爭爲目的變革，是被稱史家稱爲“大一統”一攬子改革的一部分。漢武帝的改革從根本上加強了中央集權，突出了皇權，削弱了(丞)相權，把中央官員分爲內外朝更加強了中央機構的皇帝服務職能。至此之後，除前文所述哀帝，成帝對御史大夫和丞相的名稱變更外，再無值得一談之事。
西漢末年，王莽相繼爲大司馬，而後又任尚書令，逐漸掌握了實權，後自立爲帝，國號新。王莽不以國號“新”爲理念，九卿的名字全以《尚書》的文章爲準。大司農改爲爲羲和，後更爲納言;大理改爲作士;太常改爲秩宗;大鴻臚改爲典樂;少府改爲共工;還有，“光祿勳”等改爲六監。就連百官、宮室、郡縣都換了名稱。但這些僅僅都是 “託古改字”而已，同“託古改制”是不一樣的，換湯不換藥。
東漢從劉秀稱帝起到曹丕廢掉獻帝共197年，其中以光武、明、章三帝時期爲短暫興盛，而後東漢歷經外戚、宦官之禍，少數民族叛亂到黃巾起義，到最後所謂三國諸侯割據時代，一直是內亂不已。所以東漢在前期基本繼承西漢官制略有改革，而在中後期則因內亂的局面而逐步擡升了軍事官職的地位，也有幾人以文官而稱雄於世。
光武帝即位時以大司馬、大司徒、大司空爲三公，27年後才改大司馬爲太尉，並把大司徒，大司空的“大”字去掉，稱司徒，司空。司空的職能已經從往日的監察“改行”去管“營城起邑，浚溝洫、修墳防之事”。
東漢光武帝在對皇權的加強上，比起西漢更有過之爾不及。光武帝親政時，擴大尚書檯的權利，職無不統。《通考·職官考》雲：“至後漢，則(尚書)爲優重，出納王命，敷奏萬機，蓋政令之所由宣，選舉之所由定，罪賞之所由正，斯乃文昌天府，衆務淵藪，內外所折衷，遠近所稟仰。”
三公被架空，只有議事功能，沒有實際權利，以後尚書檯成爲東漢時期的決策機構，國家中央權利全部集中在皇帝的宮廷辦公廳內，且三公往往因小事而被辭退，三公地位逐步降低。最明顯的就是(大)司徒，相當於西漢時期的丞相，再也沒有西漢時期當皇帝上賓的好運氣。如韓歆爲司徒，因好直言，無所隱諱，光武帝不能容忍，把他免官，遣歸鄉里，並下詔責之。韓歆惶恐不安，與其子嬰皆自殺。其後歐陽歙、戴涉爲大司徒，皆以罪下獄死。
東漢時期增加了太傅、太保拜爲上公。光武帝以卓茂爲太傅，封褒德侯，食邑二千戶，賜几杖車馬。此後，每當新皇帝即位，輒置太傅錄尚書事，總攬朝政。黃巾之亂後，董卓以太師自封，位在太傅、太保之上。這些官位均不常設，歷任太傅，太保書事都在死後被除其官名。
東漢沿西漢舊制，同置九卿。其所職掌，也與西漢略同，只是機構的裁併，屬官的精簡，有異於前。此外，東漢的九卿，分別隸屬於三公。太常、光祿勳、衛尉三卿，爲太尉所領;太僕、廷尉、大鴻臚三卿，爲司徒所領;宗正、大司農、少府三卿，爲司空所領。拋開現實意義不說，僅從官制的創新上來看，這是一項創新。它削弱了司徒的職權，三公各行使一部分國家權利，使官制更加合理。但從權利的角度上來看，司徒所領太僕，大鴻臚均是虛官。太僕服侍皇帝，沒有參與國家政事的權利。大鴻臚執掌少數民族及外交事務，這對一個自稱天朝的國家來說，除了在某些施威儀時可利用外，其他時候無足輕重。僅僅留下一個管人頭的廷尉還有點文字上的地位。
東漢自漢光武帝以來就戰事頻繁，所以除三公、九卿、尚書檯以外，東漢又有各級將軍，也是中央要員。有大將軍，其次驃騎將軍、車騎將軍、次衛將軍，又有前後左右將軍。其中大將軍位在三公之上，驃騎將軍、車騎將軍、衛將軍在三公之下。前、後、左、右將軍，位在上卿之下，不常置。東漢中期以後，太后臨朝稱制，外戚執政，常假借兵權以自重。於是，大將軍便成爲中央的主要官員了，並與太傅三公合稱爲五府。
東漢末年，諸侯割據，董卓、曹操分別掌握過中央政權。董卓曾經以集太師、大將軍、相國爲一身。其中又以相國爲尊，位居三公之上。曹操掌權時，罷去太尉、司徒、司空，又置丞相、御史大夫，曹操自爲丞相，至其死。
曹操死後，其子曹丕繼他的遺志，廢了漢獻帝劉協，自己當起了皇帝。自此以後，吳蜀陸續建國，三國爭霸的局面形成，中國進入三國時期。
三國之中，竊漢朝天下的魏國實力最強，同時也是和東漢一脈相承的勢力，在官制上也延續於曹操“挾天子以令諸侯”的時期。蜀國以漢朝正統自居，所以同漢朝遺風比較重，但是在諸葛孔明治蜀時有無尚書檯一說還有待考證。吳國統治者堅持從自己的實際情況出發，在個別官職上動了動小手腳，但並沒有值得一提的改革。房玄齡評價到：“孫吳、劉蜀，多依漢制，雖復臨時命氏，而無忝舊章。”②在三國時期官制上的真正創新，大多出於魏國，其中有以置中書省影響最大。
曹操爲魏王時，初置祕書令。曹丕稱帝初，改祕書令爲中書省，有監、令兩臣，由通達文學的士人但任，當時的文學就是現在所說的學術。監、令之下有中書侍郎、通事舍人、著作郎等屬官。中書省在名義上是皇帝的祕書班子，實際上有些機密命令的下達並不通過尚書省。從此尚書檯的權利又漸漸轉移到中書省，逐漸形成了書中“實握事要”，操縱政務的局面。曹魏加強中書權力和擴大官制組織不但是這一個國家的事情，而且是整個三國時代官制的一大變化，影響極爲深遠，也備受重規。歷來被認爲是中國官制史上中樞機要改變的一個標誌。原來都認爲秦漢機要之位，由丞相而歸三公。東漢機要之位，由三公而歸尚書。魏晉機要之位，由尚書而歸中書。
西晉雖承魏制，但相對於魏國改革漢代官制一樣，西晉在中央官制的變動上邁的步子則更大了。雖然都還有三公，也有九卿，也還聽得到太傅，太保之類的官名。但西晉已經逐漸繼承並發展出了，尚書省、中書省及門下省。這就是隋文帝所制三省六部的雛形了。
自秦以來皇權和相權就一直國家中央機構矛盾的焦點。在漢武帝時，置尚書檯，宰相的權利向尚書檯轉移，東漢時這樣的轉移更甚，尚書檯位至宰相之上。
