清初滿蒙聯姻，是一項既定的國策。皇太極時，蒙古族女子幾乎壟斷後宮，僅科爾沁貝勒寨桑一家，有封號的就有三位——皇后博爾濟吉特氏(孝莊的姑媽)、宸妃博爾濟吉特氏(孝莊的姐姐)及孝莊文皇后博爾濟吉特氏。孝莊文皇后給皇太極生下一男三女(兒子福臨即後來的順治皇帝)，就是因爲生下兒子，她在崇德元年皇太極稱帝時被封爲永福官莊妃。在皇太極生前，孝莊在後宮的地位並不顯赫。後宮統攝一切的是孝端文皇后，而受到皇太極專寵的則是她的姐姐宸妃海蘭珠。
崇德七年(1642)三月，清軍俘獲明朝薊遼總督洪承疇，皇太極大喜。洪承疇是明朝很有影響的封疆大員，收服他對於瓦解明朝統治具有非常的意義。皇太極下令把洪承疇押到盛京，派漢臣范文程等輪番勸說，洪承疇“延頸承刀，始終不屈”，爲此皇太極頗費躊躇，食不甘味。孝莊看到這種狀況之後，毛遂自薦，親自去勸說。她裝扮成一個侍女，身上藏了一壺人蔘汁，來到洪承疇的居處，溫顏婉語，“以壺承其脣”，一口一口給他灌下人蔘汁，動之以情，喻之以理，經過數天的努力，終於說服洪承疇投到清軍的旗下。孝莊文皇后自幼喜歡讀史書，聰明多智，處事果斷。在皇太極執政時，她就“贊助內政，越既有年”。崇德八年(1643年)，清軍大戰鬆錦告捷後，國勢大張。皇太極躊躇滿志，正策劃下一步戰略，可惜天不隨人願，突發腦溢血，暴死於清寧宮。帝王暴卒，向來容易引起政治動亂。由於皇太極對皇位的繼承問題沒有留下遺囑，因而宗室貴族中有不少人在覬覦着皇位。於是，滿洲貴族內部圍繞帝位繼承問題，展開了一場激烈的爭鬥，一場激烈的權力角逐正悄悄展開。
努爾哈赤生前就曾規定，他的繼承人必須由滿洲貴族公議，從八大議政貝勒中推選，八大貝勒“同心謀國”，其中以軍功昭著的兒子代善、莽古爾泰、皇太極及侄子阿敏輪月執政，朝賀時兄弟四人並排南面坐——這是一種原始軍事民主制的殘餘。皇太極繼承汗位後，打破了這個框框，皇帝南面獨坐，獨操大權。唯其如此，皇帝的稱號對於躋身於最高權力圈、很有可能得到它的人們來說，更加具有誘惑力。
在皇太極諸子當中，肅親王豪格是長子，早在努爾哈赤、皇太極時就曾領兵南征北戰，頗有戰功，實力很強。其他皇子，當時年齡都不大，既沒有顯赫戰功，也沒有突出地位。因此，豪格繼承皇位的把握比較大。但是，多爾袞和其弟多鐸，因戰功卓著，被封爲睿親王和豫親王，其兄阿濟格被封爲英親王。他們這一支極具勢力。資歷最老的大貝勒代善，因年老體弱，已沒有繼位之奢望。因此，當時最具競爭力的是豪格和多爾袞。在此危急關頭，孝莊文皇后憑着她的聰明才智，努力協調各方關係，積極爭取代善的支持，拿出了折中方案，迫使多爾袞做出讓步，最終使她的年僅6歲的兒子福臨繼承皇位。
爲了鞏固自己和福臨的地位，抑制多爾袞的野心，孝莊文皇后按照滿族父死妻其後母、兄死妻其嫂的婚俗，主動下嫁多爾袞。關於太后下嫁攝政王一事，史學界尚有爭議。太后下嫁有的小說家試圖從愛情角度解釋這樁婚姻，這恐怕有點理想主義。多爾袞生活放縱，拘豪格妻其妻，又擅娶朝鮮國王族女，一女不足其欲又娶一女，這是官書明載的事情。太后下嫁，迫於時勢，沒什麼愛情可言，實際上，儘管孝莊退讓一而再，再而三，最後屈身下嫁，多爾袞對皇位的覬覦絲毫沒消退。有一次他還對人說：“若以我爲君，以今上居儲位，我何以有此病症!”
福臨即位後，諸臣多次提出給皇帝延師典學，多爾袞都置之不理，有意讓福臨荒於教育，做一個傻皇帝，致使福臨十四歲親政時，不識漢字，諸臣奏章，茫然不解。多爾袞對孝莊兒子如此，所謂“愛情”云云是很難令人信服的。多爾袞對皇位早已垂涎，爲什麼關鍵時刻主動放棄?缺乏與豪格抗衡的力量?未必。或許是多爾袞從大局出發，爲避免內亂而作退讓。但促成這一舉動的，還有一個不可忽略的因素——孝莊的幕後活動。作爲愛新覺羅家族的一員，孝莊無疑是明白內亂會造成什麼危害的，一要使雙方的對立緩和，只有異中求同，二使雙方的要求都得到部分滿足——既要滿足兩黃旗大臣立皇子的要求，又要使多爾袞的權力慾望不致落空，解決這個問題的唯一辦法是扶立幼主;當時年紀幼小的皇子有四五個，誰來佔踞天子寶座?孝莊施展手腕。籠絡多爾袞，使多爾表採納了她的方案，把她兒子福臨抱上了御座。權力鬥爭剛告一段落，孝莊又陷入家庭矛盾的旋流。
如前所述，滿蒙聯姻和親，是清太祖努爾哈赤在位時定下的既定國策。大清帝國的建立，蒙古八旗也立下汗馬之功，蒙古王公在清廷政治生活中，一直是一股倚爲股肱的力量。爲了確保這種關係代代相傳，也爲了保持自己家族的特殊地位，福臨即位不久，孝莊就冊立自己的侄女、蒙古科爾沁貝勒吳克善的女兒博爾濟吉特氏爲皇后，順治皇帝執政當年，就大禮成婚，正中宮之位。自古帝王婚姻，總是帶有明顯的政治色彩，人的喜好與感情則是次要的。而福臨恰恰缺乏這種胸懷，他更多以自己個人的好惡來對待這種關係。皇后博爾濟吉特氏聰明、漂亮，但喜歡奢侈，而且愛嫉妒。本來，作爲一個貴族出身的女子，這些並不是什麼大毛病，但福臨卻不能容忍，堅決要求廢后另立。這個未成年的皇帝性格十分執拗，儘管大臣們屢次諫阻，仍然堅持己見，毫不退讓。順治十年(165)八月，孝莊見兒子實在沒有迴轉餘地，只好同意，皇后降爲靜妃，改居側宮。爲了消除這一舉動可能帶來的消極政治影響，孝莊又選擇蒙古科爾沁多羅貝勒之女博爾濟錦氏進宮爲妃。但福臨對這位蒙古包裏出來的漂亮姑娘同樣不感興趣，反而如癡如醉地戀上了同父異母弟博穆博果爾的福晉董鄂氏。董鄂氏隸屬滿洲正白旗，父親鄂碩，任內大臣，封三等伯(位同一品)。董鄂氏不但通詩文，而且性格溫順，儀表端莊，舉止言語，很有鳳採。順治十年應秀女之選(清制：滿族女子到應聘之年必須造冊上報內務府，三年一選以充實後宮或指配皇弟皇子)許配給皇太極末子博穆博果爾。博穆博果爾經常從軍出征，董鄂氏出入宮苑侍候后妃，與福臨相識並墜入情網。孝莊察覺了這一危險苗子，立即採取措施，宣佈停止命婦入侍的舊例，以“嚴上下之體，杜絕嫌疑”，同時趕緊給兒子完婚，博爾濟錦氏成爲第二任皇后。但這一切並不能阻止福臨對董鄂氏的迷戀。爲了獲得更多接近董鄂氏的機會，順治十二年(1655)二月，福臨封博穆博果爾爲和碩襄親王，以示憂寵。後來博穆博果爾得悉其中內情，憤怒地訓斥董鄂氏。這事被福臨知道，他打了弟弟一耳光，博穆博果爾羞憤自殺——此事發生在順治十三年(1656)七月。
宮中發生了這種事情，傳揚出去自然是不光彩的，孝莊悄悄地處理了這件事：博穆博果爾按親王體例發喪，二十七天喪服期滿，董鄂氏被接人宮中，封爲賢妃，一個月後，又按兒子的意願，晉封她爲皇貴妃。皇貴妃在後宮的地位僅次於皇后，不過福臨對董鄂氏的感情，已到了無以復加的地步。他認爲董鄂氏有德有才，正是理想的皇后人選，因此準備二次廢后。假如福臨再度廢后，改立董鄂氏，蒙古女人失去中宮主子之位，勢必影響滿蒙關係，傾動大清帝國的立國之基，孝莊毫不猶豫地對兒子的舉動進行了抑制。結果，母子間出現隔閡，順治皇帝甚至公然下令摳去太廟匾額上的蒙古文字，而那位生活在感情荒漠中的蒙古皇后，對於安排自己命運的同族婆婆並無絲毫感激，相反把不幸和怨恨，統統歸集到太后身上，連太后病倒，也不去問候一聲。對於這一切，孝莊都忍受了。寬容理解是她的原則。這種微妙緊張的母子婆媳關係維持了五六年，幸而她有多年的政治經驗和堅毅的性格，清帝國的基業纔不致因後宮的傾動而發生動搖。
孝莊這種苦心，福臨與皇后恐怕都不理解，倒是通達人情的董鄂氏能夠體諒孝莊的苦衷，她主動周旋於皇后與皇帝之間，緩和調節雙方矛盾，有時起到孝莊所難以達到的作用。唯其如此，孝莊有什麼事總是找董鄂氏商量，有什麼話總是找這個兒媳婦說，以至於到後來，婆婆對兒媳幾乎到了不能離開的地步。順治十四年(1657)十月，董鄂氏產下一子，四個月後不幸夭折，喪子的悲傷使她鬱郁成疾，宮廷矛盾的精神重負使她原來有病的身體更加虛損贏弱。順治十七年(1660)八月，董鄂氏病故。皇帝遭此打擊，精神頹落，懨懨無生趣，未出半年，患痘症而逝。
