井上是把哲學和佛教結合起來的有代表性的哲學家。他用西方近代唯心主義哲學改裝佛教，形成一個所謂"純正哲學"即"綜合哲學"體系，企圖把唯物主義和唯心主義納入一種"中道"哲學體系之中。他強調佛教和自然科學是一致的。他接受了F.W.奧斯特瓦爾德的唯能論，提出了自己的"勢力說"。他認爲，世界的變化不是物質左右"勢力"，而是"勢力"左右物質。他自稱是"唯能一元論"或"唯勢力一元論"，並用"勢力保存規律"即能量與守恆轉化定律來說明靈魂不滅和輪迴轉世說的佛教原理。
他的所謂"綜合哲學"的根本出發點是：既把"物界"看作存在，也把"心界"看作存在，從而把物、心兩界作爲起點，向絕對過渡。他在物和心之上加了個絕對的實在，認爲物、心的實在是和絕對的實在不可分的，並且把"絕對"作爲最高的本原，讓它統一物質和精神。他還宣稱物是人們感覺範圍內生成的現象，攻擊唯物主義，標榜他的哲學是"新唯心論"。
在井上看來，宇宙觀的形成有兩大途徑:"表觀"和"裏觀"。他認爲，要認識宇宙真相，必須通過"表觀"，從主觀和客觀兩方面去觀察，從客觀方面觀察，叫做"外觀";從主觀方面觀察，稱爲"內觀"。"表觀"是觀察由物、心相對的此岸到達"絕對一如"的彼岸方面，"裏觀"是觀察由"絕對一如"的彼岸到達物、心相對的此岸方面。
"表觀"就是"外觀"和"內觀"的綜合，是客觀和主觀的統一，也是有限和無限、相對和絕對的統一。實際上。他所謂物、心相對的此岸，指的是精神(主觀)，也就是"物即心";所謂由物、心相對的此岸到達"絕對一如"的彼岸，以及由"絕對一如"的彼岸到達物、心相對的此岸，都是精神的作用，它表明哲學上的主觀、精神與佛教的宇宙本體"絕對一如"是相通的。有的學者認爲，他的"綜合哲學"是一種客觀唯心主義;也有的哲學史家認爲，他的唯心主義並不象西方的一些唯心主義那樣純粹。
