軍機大臣，俗稱“大軍機”，又稱“樞臣”，是軍機處的長官。正式名稱，初期有“辦理軍機事務”、“軍機處行走”，後來有“軍機大臣上行走”，光緒年間始用“軍機大臣”之名，凡有上述名稱的，都是軍機大臣。
人員設置
軍機大臣由皇帝在滿漢大學士，尚書、侍郎，京堂中選任，沒有定員。從《清史稿·軍機大臣年表》看，軍機大臣最初設了三人，即怡親王允祥、大學士張廷玉、蔣廷錫，後來逐漸增加，少則三、四人，多則六、七人，最多時達十一人。
軍機大臣，具體名目甚多，例如：(1)雍正間的“辦理軍機事務”;(2)辦理軍機大臣;(3)“軍機處行走”、“在軍機處行走”或“在辦理軍機處行走”，“軍機處行走”名目從嘉慶朝後期起即極少使用，僅恭親王奕訢以議政王入值軍機時使用過一次;(4)“在軍機大臣上行走”，等等。
各軍機大臣的名次都有一定，大致以官位高低及行走先後爲序，也有經皇帝指定的，其中資歷最深者爲“首席軍機大臣”，或稱“領班軍機大臣”、“揆席”，但沒有正式的名義。初入軍機者，前期稱“軍機處學習行走”，後來有“大臣上學習行走”，屬於見習軍機大臣的性質，任職一、二年方去掉“學習”字樣，爲一般軍機大臣。
職權設置
職權差異
在軍機大臣中，領班軍機大臣具有特殊地位。他每日入值，隨時準備皇帝召見，即使皇帝外出巡幸也不例外。初期，凡應皇帝召見議商政務、承皇帝旨意起草諭旨以及寄給各官員之諭旨的署名等，均爲領班軍機大臣專責。乾隆時，傅恆任領班，經皇帝批准改爲軍機大臣共同面君承旨，發出之寄信諭旨，亦改用軍機處名義。
如前所述，初入值軍機處者，因資歷或能力尚淺，則命在“軍機大臣上學習行走”。加“學習”二字，意示見習，其地位低於一般。一二年後，再由領班的軍機大臣奏請去其“學習”二字。各軍機大臣之間，因資格、品位之高低而有差別，除視秩排班外，權力亦有不同。如：有的滿洲軍機大臣只准閱辦滿文奏報;新任之軍機大臣不準閱辦皇帝硃批過的奏報。這些等級差別，均不見有“則例”、“章制”，而是由皇帝親定。
具體工作
軍機處職能原爲承命擬旨，參與軍務，隨着時間的推移和條件的改變，軍機處已不再是單純的軍事機構，逐漸演變爲清代全國政令的策源地和統治中心，其地位遠高於國家行政中樞的內閣。軍機大臣的職務是“掌書諭旨，綜軍國之要，以贊上治機務。”即秉承皇帝的旨意辦理軍政事務，實際上是爲皇帝作侍從祕書工作。下設軍機章京，從內閣和六部中抽調中書，即中等官充任，協助軍機大臣處理文書，對一般奏章票籤處理意見，根據皇帝的意圖起草諭旨以及“記載檔案”等。官品不高，但接近機密，俗稱“小軍機”。分滿、漢兩班，各以一人爲領班，一人爲幫領班。處下還有兩個機構：負責修纂的“方略館”和掌翻譯的“內繙書房”。
①、負責皇帝下達諭旨的撰擬和參與官員上報之奏報文書的處理;
②、凡國家之施政方略、軍事謀略以及官員的重要陳奏意見，或對官員的懲處、彈劾事件等等，皇帝批交軍機大臣議，或會同各有關衙門議，並著提出處理意見，奏報皇帝裁奪;
③、某些重大案件，皇帝專交軍機大臣審理定擬，或會同三法司審擬;
④、文武官員上至大學士、各部尚書，各省總督、巡撫，以至道府、學政、關差，以及駐防將軍、都統，駐各邊疆地區的參贊、領隊、辦事大臣等的補放，均由軍機大臣開列應補人員名單，呈皇帝擇用。遇科考，亦由軍機大臣開列主考、總裁官名單及考試題目，請皇帝選用。複試、殿試，軍機大臣負責覈對試卷、檢查筆跡或任閱卷官;
⑤、軍機大臣常侍皇帝左右，以備顧問;
⑥、軍機大臣可奉皇帝之命，以“欽差”的身分，往各地檢查或處理政務，稽查各省、各部院之匯奏事件。此外，軍機大臣還兼任方略館的總裁，內閣書房管理大臣及總理各國事務衙門大臣。
工作流程
1、發折;奏事處將官員奏摺下發軍機處。
2、接折：軍機章京將奏摺送軍機大臣閱。
3、見面;軍機大臣將奏摺送皇帝處請旨。
4、述旨：將皇帝旨意擬成諭旨再交皇帝御覽。
5、過朱：皇帝硃筆改定奏摺。
6、交發：將諭旨下發有關衙門實施。
7：開面：諭旨以年月日爲序抄錄備案。
8、交折：將原奏摺交內奏事處。
9、月折：將奏摺複本每月一編。
10、隨手：將諭旨、奏摺重點二季一編。
11、封櫃：將月折、隨手檔收櫃題封。
歷史影響
軍機處總攬機要，還有向皇帝推薦官吏的權力，權限凌駕於內閣和六部之上。各地的奏章由軍機處票籤後呈請皇帝批示。皇帝的諭旨，凡屬機要，都由軍機處草擬，稱爲“密諭”，經由軍機處通過兵部送達地方的督撫，稱爲“廷寄”，內閣無從過問。至於“文武官特簡”以及西北兩路軍兵換防也要由軍機大臣“進其名單”呈請欽定。軍機處還立有“存記簿”，相當於機要檔案，“凡有旨存記者，皆書於冊而藏之”，“應密存事件，則密封存記”。總之，軍機處奉命經辦一切重大軍政事務，成爲國家的政治中樞。軍機處產生後，原來的議政王大臣形同虛設，內閣也成了處理一般事務的機構了。
軍機處雖然總轄軍國政務，但它本身不是一個正式的權力機關。軍機大臣無專職，亦無定員。軍機處不設官署，除了奉命辦事之外，自己不能作出任何決定，也無權對外發出任何指示，即“只供傳述繕撰，而不能稍有贊畫於其間。”(《檐曝雜記》卷1)。其官員互不統屬，皆直隸於皇帝，軍機大臣的罷置也聽命於皇帝，一切大權都集中在皇帝手裏。它的設立是清代統治者在中央行政制度方面的重大變革。皇帝通過軍機處，完全控制了全國的軍政大權，實現了“乾綱獨攬”的絕對君權。
