學界對於軍機處的創立原因亦是衆說紛紜，但基本有一定共識。綜合以往學者的研究，我認爲軍機處創立的原因主要有以下幾點。
一是爲了籌劃西北軍務。這是軍機處成立的直接因素，也是學界一直以來基本肯定的軍機處創立的主要原因之一。關於籌劃軍務的創立原因，可以從大量的史料中得到充分的論證，如王昶稱“先是雍正七年青海軍事興，始設軍機房，領以親王、大臣……”嘉慶帝也說過：“自雍正年間初設軍機處……本爲籌辦軍務。”這些史料證明了清政府成立軍機處的目的是應軍務的需要，但若僅以此作爲軍機處的創立原因，則又失之片面和膚淺。
二是爲了加強君主專制集權的需要。自1644年清朝入主中原，到雍正帝即位，清朝統治者逐步鞏固了在全國的統治地位，並採取了一系列穩定社會和發展生產的措施，社會經濟得到了恢復和發展。但是，清朝作爲一個少數民族入主中原建立的王朝，滿洲貴族集團在其中功不可沒，清朝勢必要保護滿洲貴族集團的利益。這樣，滿洲貴族集團在清政府中權勢的不斷增長，日漸同皇權產生了激烈的矛盾。加之滿洲固有的八旗軍事組織，各旗王、貝勒共同參予討論和商定國家重大事務的王大臣會議制度，這時仍是控制國家的主要決策機構。另外，這一時期的內閣雖然因有議政王大臣會議的存在，權力有所削弱，但是內閣畢竟位處宰輔，承旨出政，票擬本章，地位依舊很高。而內閣中有一些滿洲大學士把持權力，與議政王大臣共同形成對皇權的威脅。這些都是阻礙皇權加強和集中的重要阻力。極大地束縛了中央集權的君主專制的發展，引起清朝前期歷代皇帝的不滿，順治、康熙、雍正三位皇帝都同滿洲貴族勢力等進行過爭權奪利，加強皇權的鬥爭。
到雍正時期，經過一段時間的政治鬥爭，他削弱了滿洲貴族集團的上層勢力，穩定了政治局勢，另外社會經濟正在持續恢復和發展。有權決定軍國大事的、由滿洲貴族組成的議政王大臣會議已經腐化，這時的王大臣“半皆貴胄世爵，不諳世務”既無實際經驗，有無干練才能。內閣大學士一般也都是六、七十歲的老臣，缺少朝氣。因此，雍正爲了鞏固和加強皇權，提拔了一批信任又有才幹的近臣作爲助手，軍機處應運而生。
三是爲了保守機密。軍機處是因處理軍務而設立的，而軍務的處理不可避免地需要保守機密。但是已有的內閣和議政王大臣會議卻難以做到這點，如康熙時就已訓斥議政王大臣：今聞會議之事尚未具題，在外之人即得聞知。”雍正時也就保密問題責斥過內閣大學士：“凡大小臣工，而奉諭旨，國家政務，不當輕泄於外。”因此，到雍正時，亦是出於保密的需要，在深處大內的隆宗門內創立了軍機處，“非奏事人待旨及上所宣召者，雖王公大臣不許私入。”這就符合了軍事保密的需要。
