江戶時期以來一直到昭和二次大戰時期之小說一般都採用怨恨說作爲題材，最重要的就是被解除招待德川家康的職務這一點。雖然很難辨明真僞，但作爲理由，一般認爲有以下幾個：1、明智光秀本計劃周到細心地招待家康，但是準備的菜餚中有惡臭的氣味(亦有說因準備材料因天氣關係而發出非腐爛的自然味道，信長在巡查廚房時發現，但不接受光秀解釋，且褫奪其饗宴奉行一職)。信長怒道“你打算拿爛掉的菜來招待嗎?”撤掉了菜餚，並罷免了光秀的接待職務。
2、明智光秀在平定丹波國的時候，將其母(亦有乳母說)作爲人質交給八上城，說服城主波多野兄弟前往信長處。然而信長殺害了兄弟倆人，結果在八上城的光秀的母親也被殺害。3、信長下達要將光秀從原封國丹波國轉封到尚是毛利氏領土的出雲國與石見國。由於之前信長驅逐重臣林通勝與佐久間信盛，讓光秀也有了失去領土被驅逐的危機感而心生不滿。4、明智光秀作爲幕府的役人，是堅定的幕府支持者，而織田信長廢黜幕府將軍足利義昭以及要求修改曆法等藐視幕府的行爲，讓明智光秀認爲其並非改革者，而是秩序的破壞者。
5、在對待長宗我部家的立場上，光秀和信長持完全不同的態度。長宗我部元親之子信親與光秀麾下大將齋藤利三本是遠親，光秀利用這一層關係，說服信長招撫長宗我部氏，使其統合四國的軍事，從側翼夾擊毛利氏。然而，長宗我部元親烈火疾風般的四國統一戰卻引發了信長的不快，他轉而支持贊岐的三好康長，還企圖讓三子信孝入繼三好家，派信孝和丹羽長秀準備四國攻略，日後即由信孝接管長宗我部的原有領地。其實主從意見相左並沒有關係，然而最初是光秀把長宗我部拉上信長的戰車的，信長一腳把他踹了下去，事先卻毫不徵求光秀的意見，而且四國攻略也沒有光秀的份，這使光秀既惱怒，又恐懼，害怕自己在信長眼中是一枚可以隨時放棄的卒子。況且，前此羽柴秀吉自作主張地插手四國事務，派兵攻克了淡路島，分明是在搶他光秀的風頭，而自己竟要前往中國地區，聽從羽柴秀吉的指揮。
由此，光秀倍感恥辱，積怨甚深。但是，積怨說的依據大多是在江戶時代之後出現的文稿，作爲史料非常值得懷疑。對於光秀從何時決定謀反尚未定論，但是在龜山城出兵前，光秀在參拜愛宕神社時所詠的詩歌“時は今、雨が下しる、五月哉”(諧音:時在今日，天下當傾)，似乎可以顯示當時他已經下定了謀反的決心。
此說是興起的說法，是本能寺之變諸說中，比較有利的說法。朝廷黑幕說的基礎建立在三職推任事件上。此事被記錄在公卿勸修寺晴豐所寫的“天正十年夏記”，原文：“廿五日天晴。村井所へ參後。安土へ女はうしゆ御したく候て、太政大臣か關白か將軍か、御すいにん候て可然候よし被申候(しかるべくそうろうよしもうされそうろう)。その由申入候。”這段被稱爲三職推任事件的文章引起了立花京子、小和田哲男、今谷明、堀新等日本學者的注意。本文從不一樣的角度解釋，則出現兩派相反的看法，分別列舉如下：
朝廷主動派，本派是小和田哲男、堀新等學者所支持的看法。1582年4月25日，信長消滅武田家後，朝廷派遣勸修寺晴豐跟織田家京都奉行村井貞勝提出希望織田信長從太政大臣、關白和徵夷大將軍中選擇其中一個職位擔任的想法。請村井向信長轉達，讓朝廷可以做好準備。信長主動派，本派是立花京子、今谷明等學者所支持的看法。1582年4月25日，信長消滅武田家後，透過其京都奉行村井貞勝向朝廷使者勸修寺晴豐提出織田信長希望能從太政大臣、關白和徵夷大將軍中選擇其中一個職位擔任的想法。請勸修寺向朝廷轉達。
朝廷主動或是信長主動派之後的發展都是一致的。1582年5月4日，勸修寺晴豐向信長表達天皇希望信長接任徵夷大將軍一職、開設幕府。已知此事的信長卻刻意避而不見，並派森蘭丸前去表達保留此事的態度。三職推任事件加上信長在1578年辭去右大臣事件、天正改元事件、正親町天皇讓位事件等多次雙方衝突下，使朝廷認爲拒絕開設幕府的信長有可能是想推翻原有的天皇制度，因而聯合支持朝廷的明智光秀髮動本能寺之變。
2007年，根據‘兼見卿記’寫成‘信長謀殺の謎’的桐野作人在採訪中也說，他被人質問“朝廷黑幕說難道不是一種陰謀史觀嗎”。
