永樂二十二年(1424年)七月十八日，65歲的朱棣在北征返京的途中病逝，英國公張輔、閣臣楊榮爲了避免朱高煦、朱高燧趁機作亂，因此祕不發喪，將軍中的漆器融成一口大棺材，將朱棣的遺體裝入棺材中，每日還是照例進餐、請安，只是皇帝的車簾再也沒有掀開、皇帝也再沒有說話，軍中一切如常，同時，派楊榮與太監海壽進京密報，朱高熾得知後立即派兒子朱瞻基出京迎喪，由於大臣們的精心安排，總算沒有爆發什麼叛亂，政權得以平穩過渡。
朱高熾直到永樂二十二年(1424年)八月二十五日才得知朱棣之死，這時皇帝的代表帶着傳位的遺詔到達北京。他立刻與吏部尚書蹇義、大學士楊士奇和楊榮商量。他下令加強京城的治安，並派大太監王貴通去南京任鎮守。次日，他釋放了前戶部尚書夏元吉;夏因反對第三次遠征蒙古而在當年四月被朱棣囚禁。九月七日他正式登基，頒佈了大赦令，並定次年爲洪熙元年。同一天，他採納夏元吉的建議，取消了鄭和預定的海上遠航，取消了邊境的茶、馬貿易，並停派去雲南和交趾(安南)的採辦黃金和珍珠的使團。他重新命夏元吉和另一名被貶的官員吳中分別任戶部尚書和工部尚書。朱高熾以這些行動開始取消或調整他父親的行政政策。
朱高熾即位後開始了一系列改革，首先赦免了建文帝舊臣和永樂時遭連坐流放邊境的官員家屬，並允許他們返回原處，又平反冤獄，使得許多冤案得以昭雪(如建文忠臣方孝孺的“誅十族”慘案，永樂朝解縉的冤案都在這一時期得到平反)，並恢復一些大臣的官爵，從而緩和了統治集團內部的矛盾。
最後，在他死前的一個月，朱高熾在扭轉其父政策方面採取了一個最激烈的措施，即把京師遷回南京。據說此舉是夏元吉和其他高級朝廷官員作爲把資源從北方邊境轉移出來的策略的部分行動而強烈要求的。朱高熾自他登基時起，顯然已有此意;這時他已設南京守備，並派他信任的將軍和宦官去指揮。朱高熾對朱棣的北征不感興趣，也不喜歡北京;此外，他在南京當過監國，熟悉南京的情況，感到那裏更爲舒適。另外他還關心維持北方首都的費用，這項費用不但大大地增加了中國東南的負擔，也使各政府部門難以應付。
洪熙元年(1425年)四月十六日，他定北京所有政府部門爲行在。半個月後，他派皇太子朱瞻基到南京去拜謁朱元璋的皇陵，並留在那裏負責。儘管南京地區有地震的報告，但皇帝的返回和他朝廷的南遷勢在必行。然而朱高熾在實施這一行動前死去。此外，他的繼承者宣德帝朱瞻基並未參與這一計劃，朱瞻基與永樂帝更親近，對偏向北方的政策不那麼討厭。北京依然是京師，南京又成了輔助性的都城。
