抗擊波斯
初登帝位的希拉剋略當務之急是抵禦薩珊波斯的入侵。此時波斯人已經奪取敘利亞、巴勒斯坦、埃及、亞美尼亞、伊比里亞、兩河流域等地，由小亞細亞攻入拜占庭帝國腹地。615年，波斯大將沙欣攻陷博斯普魯斯海峽的卡爾西頓，直接威脅海峽對面的拜占庭首都君士坦丁堡。就在這時，斯拉夫人和阿瓦爾人開始由西北進攻拜占庭。拜占庭國內一片混亂，希拉剋略處境艱難，遣使向庫思老求和又被拒絕。
爲應對危機，希拉剋略開始對拜占庭軍隊實行改革，將全國劃分爲若干軍區，每個軍區都加強了機動作戰和防禦力量。教會也捐輸金銀資助希拉剋略。622年，在伊蘇斯之戰擊敗薩珊波斯軍。此後與波斯大將沙赫巴勒茲、沙欣、沙普坎等人多次交戰，相持中互有勝負。戰局的真正轉折發生在626年，塞爾吉烏斯教長擊破了阿瓦爾人的君士坦丁堡之圍，使得作爲波斯盟友的阿瓦爾人損失慘重，希拉剋略在西突厥統葉護可汗和可薩人的援助下轉守爲攻，由格魯吉亞攻入伊朗。第二年，希拉剋略佔領波斯軍事重鎮甘扎克。破壞了祆教最主要的拜火祠之一——阿圖爾·居什那什普火祠。庫思老二世急忙帶着聖火撤退了。拜占庭軍隊隨後在亞述古城尼尼微再敗薩珊波斯(尼尼微戰役)，洗劫了達斯特卡爾特王宮。庫思老又慌忙逃到泰西封，拜占庭軍隊也尾隨而至。
這一次輪到薩珊波斯內憂外患了。危急的形勢引發了宮廷政變，庫思老被投入監獄。卡瓦德二世(庫思老與拜占庭公主馬利亞所生)被擁立爲王。628年2月底，根據卡瓦德的命令，庫思老二世被殺於獄中。爲了鞏固自己的王位，他又殺死了所有的兄弟，據說共17人。不久，兩國簽訂和約，薩珊波斯撤出了從埃德薩到亞歷山大里亞的領土，兩國交換俘虜，歸還“真十字架”。至此，拜占庭帝國所面臨的危機可以說暫時告一段落。
軍區制
在戰爭中，希拉剋略已經嚐到了軍區制的甜頭。戰後，希拉剋略仍然感受到來自帝國東西南北各個方向的外族的壓力，便決定在全國推行軍區制。軍區制原來已在北非和意大利實行，希拉剋略將其移植到東方各省，先後建立了亞美尼亞、奧普西金、基維萊奧冬、阿納多利亞和色雷斯五個軍區，他的後繼者們繼續完善並推廣軍區制的範圍，使之終於成爲拜占庭帝國一項基本制度。
軍區制的實質就是地方軍政合一，地方軍事長官兼有行政管轄權，一身二任，類似於中國歷史上的節度使制度。實際上使全國都處於軍事管制之下。由於拜占庭帝國容易受攻擊的地理特點，戰爭已成爲國家和政府的經常性職能，軍區制對拜占庭帝國來說顯然是合理而且必要的。
軍事屯田
希拉剋略改革的另一個重要方面是建立軍役和封建義務合一的軍事屯田制。爲解決財政不足的危機，希拉剋略將戰亂時期沒收的大貴族的土地和田產分封給服軍役的官兵，作爲軍餉。份地可以世襲，也可以轉讓，但轉讓份地則必須將軍役義務一起轉讓給繼承人。他們戰時作戰，平時耕地，向政府交納賦稅，免除徭役。希拉剋略的繼承者們繼續鞏固軍事屯田制。此舉解決了當時面臨的財政危機的同時，促進了小農經濟，被認爲是拜占庭帝國由奴隸社會向封建社會轉變的關鍵。
教會關係
希拉剋略同教會的關係是十分微妙的。在危機年代，希拉剋略得到教會的資助。他採用了大批動用教產的措施，利用教會的物質力量和精神力量號召全國軍民同仇敵愾。但戰後，教會的追債使雙方矛盾頓起。另外，面對帝國東部地區的嚴峻形勢，爲籠絡人心，滿足埃及、敘利亞“基督一性論”派的異端教徒，希拉剋略提出了他自己的“二性一意”論，認爲基督具有二性但只有一個意志，但遭到教會的強烈反對而作罷。儘管如此，希拉剋略同教會的矛盾還是良性的，沒有發展到像後來利奧三世那樣通過“搗毀聖像運動”來摧毀教會的地步。
希拉剋略是第一個和穆斯林接觸的拜占庭皇帝，按照阿拉伯人的說法確信他可能皈依了伊斯蘭教。他視穆罕默德爲真正的先知，上帝的使者。然而，其他的消息來源表明，希拉剋略或許從未讀過穆罕默德的書和接見過穆罕默德派來的任何人。
