平安末期逐漸走向正常化的日中關係，鎌倉幕府繼續予以推進。建保4年(公元1216年)第三代將軍源實朝(公元1192年—公元1219年)準備親率60名隨員訪宋，只是因爲新建大船不能在鎌倉的由比海濱下水，纔沒有成行。鎌倉幕府積極與南宋貿易的主要原因是獲取南宋的銅錢，因爲那時日本自己不鑄造銅錢，國內流通的主要貨幣是宋銅錢。因而日本商船到南宋去的日益增多，如壽永2年(公元1183年)、建久4年(公元1193年)、正治元年(公元1199年)、正治2年(公元1200年)、建仁2年(公元1202年)均有日本商船到甫宋。
這時期對外貿易管理權從大宰府轉移到鎮西奉行(鎌倉幕府統治九州地方的官職)手中，民間貿易得到承認，有了迅速發展。13世紀初擁有船員100名以上的大船每年約有40至50艘到南宋，史載，“侯人，冒鯨波之險，舶爐相銜，以其物來售。”至13世紀中葉，偏安江南的南宋由於銅錢大量外流，苦於銅錢不足，乃提出限制貿易船隻的要求。幕府同意這種要求，實行貿易統制，限定船數爲5只，幕府則派名爲“御分唐船”的御用(幕府)貿易船，直接進入海外市場。中國商人來日的也多，其中有一些定居博多，在這裏娶妻生於，往來於兩國之間。由於日本國內商業的發展，對貨幣的需求增大，對宋錢的輸入十分迫切。承久之亂後10年，京都的重臣西園寺公經曾遣商船向宋帝獻上扁相制房屋，獲得回禮10萬貫和其他禮物。除銅錢外，輸入品中還有江南特產高級絲織品(絹、續、錦);陶瓷器、茶、香料、藥品、書籍、文具、繪畫、珍貴木材等。輸出品一如以前，主要有砂金、真珠、水銀、硫黃、刀劍、扇、美術工藝品等。及至元代，由於元朝徵日，兩國政府間的關係中斷，但民間依然進行貿易，幕府對日商出海已不加限制，元政府對日亦採取開放政策，準日商以金易元錢，還命令沿岸所在官司同日船貿易。
入元僧
鎌倉時代有大量日僧來宋、元訪問，據統計，入南宋僧不下百餘人，入元僧更多於此。他們大多從明州上陸，歷訪江、浙、閩諸寺，雲遊時飢則齋食，暮則投宿，受所至各地中國僧俗的熱情接待。公元1331年入元僧友山士倔訪問松江時，適值“巨水爲害，吳中禪剎，鐘鼓寂爾，遊方之土，無放包之地”。在此困境下，該寺僧對這位遠來的日本僧友山予以很好的照顧，“苦留過冬”，“視以骨肉”，體現中國人民對日本人民的感情。入宋僧和入元僧旅居中國往往一、二十年。研究佛學(主要是禪學)，兼及儒學、漢詩文學、書法、繪畫、建築、印刷等各種學藝。入宋僧俊乘房重源(公元1121年—公元1206年)巡禮求法時，還鑽研了宋代建築式樣，回國參加東大寺的修建工程。明庵榮西(公元1141年—公元1215年)兩次入宋學習禪宗，還學得宋代建築技術和醫學，研究了茶的養生效能，他回國後開創日本臨濟宗(禪宗之一派)，建立禪宗式(南宋式)寺院，並將中國建築式樣帶到日本。還有俊範(公元1166年—公元1227年)，於正治元年(公元1199年)入宋，在明州景福寺學禪及律。建曆元年(公元1211年)回國，帶回佛典、儒書及雜書2000多卷，爲儒學在日本的廣泛傳播作出了很大貢獻。
圖 蘭溪道隆墓塔
到日本的南宋僧約有十多人，著名的有蘭溪道隆(公元1213年—公元1278年)和無學祖元(公元1226年—公元1289年)。道隆於寬元4年(公元1246年)到日，接受北條時賴的歸依，併爲建長寺開山，廣收門徒，形成大黨派。溢號大覺禪師。祖元於弘安2年(公元1279年)到日、創建圓覺寺。溢號佛光禪師，爲無學派。
入元僧中出現不少知名的漢文學家和書法家，雪村友梅(公元1290年—公元1346年)、古源邵元(公元1294年一公元1364年)是其突出代表。雪村旅居中國22年，寫下200餘首詩歌，其中不少是歌頌兩國人民友誼的。人 宋入元僧促進了兩國文化的交流。宋、元科學文化的傳入對鎌倉時代日本科學文化的發展，尤其對醫學、雕版印刷、建築、陶瓷製造、紡織、漢文學、書法、繪畫的發展有很大意義。那些應日僧和幕府之請渡日、後來客死日本的宋元僧，爲兩國友好和文化交流作出了重大貢獻。
