在澎湖海戰中，清軍之所以取勝，除戰船裝備精良，將士作戰勇敢之外，也是與作戰指揮的正確分不開的。清軍水師統帥施琅“治軍嚴整，通陣法，尤善水戰，諳海中風候”，因此在指揮上有許多獨到之處。在渡海時間上，他一反在東北風季節渡海的傳統，選在西南風始發的六月中旬。
實戰證明，這一選擇是正確的，它保障了清軍水師在發起總攻前的安全錨泊。在渡海航路上，以往從大陸到臺灣，都從金、廈出航，而施琅又一反慣例，把出航點選在靠南的銅山島。因爲水師從銅山出航後可利用西南風，直取澎湖以南鄭軍未設防的諸島嶼，以作爲前進基地，然後向北轉入澎湖海域，這樣便始終處於順風順流的有利陣位。實戰證明，這種選擇是正確的，取得了預期的效果。在戰術上，集中兵力，速戰速決。澎湖海域六月多風，深諳海情的施琅是知道的，在初戰小挫之後，便立即抓緊再戰準備，並不失時機地發起總攻。施琅除分兵二路，從東、西兩個方向進行佯動和箝制以外，在主攻方向上集中了56艘主力戰船，並以五船合攻一船，逐次殲滅了鄭軍主力，而清軍水師卻無一船損失。一場大規模海戰，損傷如此懸殊，這在海戰史上也屬鮮見。
澎湖海戰明鄭爲什麼失敗
一、防禦部署上的錯誤。鄭軍只注意防守八罩水道以北的北大山、西嶼、北山等大島，而忽視了在八罩水道以南的八罩、虎井、桶盤、花嶼、貓嶼等諸小嶼設防，這就使南來的清軍水師得以乘虛入據，成了清軍駐泊、休整和出擊的前進基地。
二、消極防禦，貽誤戰機。當清軍水師經過30多小時的航行，抵近澎湖時，鄭軍宣毅左鎮邱輝對劉國軒說：“乘彼船初到，安澳未定，兵心尚搖，輝願領煩船十隻，同左虎衛江勝貫陣卻之。”建威中鎮黃良驥也說：“先發制人，半渡而擊，正合兵法。”劉國軒卻說：“炮臺處處謹守，彼何處灣泊?當此六月時候，一旦風起，則彼何所容身?此乃以逸待勞，不戰可收全功也。”遂按兵不動，使清軍水師得以順利到達澎湖，環泊花、貓二嶼。邱輝又建議：“乘夜潮落，衝舟宗擊之”，又遭拒絕。十六日，清軍出戰不利，千帥受傷。邱輝建議乘勝夜襲，劉國軒仍以等待颶風使彼自覆爲由未予採納。邱輝說：“兵法有云：半渡可擊，立營未定可擊，乘虛可擊;今敵患三者，而不乘其勢，若早晚無風，合萬人爲一心而死戰，將奈何?”劉國軒不聽部屬的合理建議，三次放棄殲敵的有利戰機，把取勝的希望完全寄託在可期而不可必的風暴上，結果是風未至而兵已敗。
三、冒險決戰，全軍覆沒。戰史上因主帥胸無全局，遷就眼前事變，由消極防禦變爲冒險決戰的事例時有發生。鄭軍的作戰方針本來是以澎湖爲重點設防固守，劉國軒本人也不願主動出擊，而是指望海上風暴會使清軍不戰而敗。既然如此，就應該充分利用防禦工事，保存有生力量，避免與清軍決戰。劉國軒見不及此，當施琅發起總攻時，亦率全部海上兵力迎戰，終於全軍覆沒。
