1928年，中原地區軍閥混戰，槍炮日漸普及。一些少林弟子加入了軍閥的部隊，想通過武功建立功業，最後卻爲少林寺帶來了空前的劫難。
在長達1500年的歷史中，少林寺遭遇過很多次劫難。封建時代，每逢一個朝代沒落，地方政府的控制力減弱，民不聊生，少林寺就很難獨善其身。少林武術很難抵擋“山賊”的騷擾，如果碰到大規模的流寇，寺裏的僧衆往往會逃散，建築被毀，也是常有的事。
在所有的劫難中，1928年軍閥石友三火燒少林寺或許是最嚴重的一次。
恆林種下禍根
民國初年，少林寺有僧衆200多人，土地1370餘畝，但是，迫於當時形勢，少林寺仍日趨衰落，度日艱難。軍閥混戰，土匪肆虐，當時的恆林和尚爲保護少林寺做出了貢獻，但是也因此種下了禍根。
恆林(1865-1923)，武藝高強，民國初年，由於政府很弱，無暇顧及少林寺，就任命他爲“少林寺保衛團團總”，屬於地方民團性質，恆林只好購置槍械，訓練僧兵，以備不虞。
這實際上是少林武僧的武裝化，從練武術到操槍械，實力當然是大大增強，對抗小股土匪是綽綽有餘，但是如果捲入大規模軍事衝突，就非常危險了。
1920年，豫西大旱，土匪橫行，恆林在登封縣城、白玉溝等地與土匪激戰數十次，打落“肉票”多人，這些戰鬥繳獲的槍支彈藥，都運回少林寺儲存。
恆林因爲善戰而威名遠播，土匪不敢來戰，也爲少林寺周邊地區爭取了一小段和平日子，民國河南省政府主席張鳳台授予恆林獎狀、獎章，並對少林寺送匾以示謝意。
1923年，恆林病逝，第二年，附近有300民衆捐資爲他立碑。
恆林死後，他的弟子妙興接替少林寺保衛團團總的職務。恆林還有一個徒弟叫樊鍾秀，也是一個奇人。妙興和樊鍾秀，最終讓少林寺陷入一場大劫。
樊鍾秀倒向吳佩孚
樊鍾秀原名鐸，別號醒民，河南寶丰人。少年時代即進少林寺，拜在恆林方丈門下學習武藝。
清末河南土匪橫行，學習武藝是當地人們自我保護的一種必要手段。稍後，樊家爲避匪患遷到陝北洛川。陝北從清末左宗棠西征之後，迭經戰事，人煙稀少，豫西人民多有遷徙至此。
樊鍾秀身懷武藝，年輕氣盛，因練民團成爲新移民中的頭目，得到陝西督軍陸建章的賞識，他又團結陝西豫籍軍人會黨，與靖國軍合作，獨樹一幟，號爲靖國二軍，護法成功，樊鍾秀聲名鵲起，孫中山先生招他到廣州，親自嘉獎他，並委任爲建國豫軍總司令。
北伐之中，建國豫軍是革命同盟者，與國民聯軍的石友三部，本是戰友。馮玉祥由陝入豫，率先派人和樊鍾秀聯繫，意在收編。
那時候的馮玉祥，挾武力逼退三任北洋總統，且佔有陝、甘、豫大部分地盤，又新從蘇聯歸來，獲得了大量武器補充，兵強馬壯，有雄兵40萬，而樊鍾秀雖然領有建國豫軍的招牌，所屬皆陝北豫西的河南老鄉，人馬不過萬人。
但樊鍾秀自恃是靖國功臣，建國豫軍的招牌又是中山先生親賜，無意歸附，最終，這種意氣之爭讓他倒向了軍閥吳佩孚。所以建國豫軍和馮玉祥國民聯軍石友三部，首先圍繞着豫西宛洛的歸屬，彈矢相向了。
另一個關鍵人物妙興
妙興(1891-1927)，家境貧寒，8歲就到少林寺拜恆林爲師，苦練武藝，人送外號“金羅漢”。
1922年，第一次直奉戰爭爆發，直係軍閥吳佩孚的師長張玉山到登封，想收編陳青雲、任應岐的部隊。這時，樊鍾秀在張玉山手下做團長，他路過少林寺，看到大雄寶殿殘破，便承諾修繕，因爲軍務繁忙，他先捐了400元購買物資，少林寺的人對他很有好感。
1923年，吳佩孚受命爲直魯豫三省巡閱使，張玉山奉命在河南招兵買馬，似乎有某種必然性，他發現了妙興。妙興武功高強，更重要的是有人有槍，妙興成爲張玉山麾下第一旅第一團團長，正式加入了吳佩孚的軍事集團。
1926年，廣州革命軍開始北伐，馮玉祥宣佈脫離北洋軍閥，參加革命軍。吳佩孚聯合張作霖，攻打馮玉祥，但是被馮和北伐軍擊敗。
1927年，馮玉祥佔領西安，配合北伐軍攻打河南，妙興所在的吳佩孚手下第一團，奉命調往鄭州，又轉戰舞陽，3月6日，在與馮玉祥的部隊交戰時身亡，年僅37歲，妙興的遺體由弟子運回少林寺，葬於寺東北的山坡上。
1928年火燒少林
那時候北伐戰爭炮火剛熄，石友三部作爲西北軍駐防宛洛，併兼任洛陽警備司令。石友三屬於馮玉祥國民聯軍編制。在河南，它的主要敵人是直系吳佩孚部隊，奉系張昌宗部，以及在馮玉祥和吳佩孚之間搖擺不定的鎮嵩軍。
若要對比兵力，樊鍾秀本不足與石友三抗衡。石友三國民聯軍第五路，人馬近6萬，久經沙場，而且又剛剛戰勝奉軍，銳氣不可當，連馮玉祥對石部的驕兵都縈執乏術。樊部兵馬不過萬人，除了骨幹之外，多數還是新招的豫西土匪。那麼樊鍾秀爲什麼要以卵擊石呢?
在樊鍾秀看來，他資格很老，不但石友三不配作爲他的對手，即使馮玉祥、蔣介石也算是後生小子。
除此之外，樊鍾秀還有地利之便。樊鍾秀的部下，多半出身豫西深山，他們本無特別的宗旨，當兵或者爲匪，全憑利害形勢決定;至於民團，樊鍾秀的師父——少林方丈恆林，就是登封地方民團的團總，恆林死後，繼任的妙興、妙全都是樊鍾秀的師弟，在地方民團中更有莫大影響力。
1928年3月，樊鍾秀與石友三開戰之前，樊鍾秀把指揮部駐紮在少林寺內，此處久爲地方武力的中心，通訊和指揮皆方便順暢，更可以得到民團的協調合作，自然是理想的司令部了。
在少林寺方面而言，樊鍾秀既出本門，又是能夠在全國政治軍事舞臺上叫得響的人物，能引爲護法，光大宗門，當然再好不過了。
佔盡了地利的樊鍾秀，儘管有民團的協助，也不是石友三的對手。除了衆寡不敵之外，關鍵的因素是石友三部隊武器精良，都是從蘇聯新運回的槍炮。樊鍾秀部隊的裝備，多系漢陽造和土製槍炮，根本不是對手。
雙方激戰正酣，少林寺僧在嵩山之南十八盤藉助地勢阻擊石友三部，樊鍾秀退往嵩縣深山。
3月15日，得勝的石友三進駐樊鍾秀設在少林寺的的指揮部，縱火焚燒法堂。次日，駐防登封的國民軍蘇明啓旅，命軍士擡煤油至少林寺中，將整個少林寺付之一炬。天王殿、大雄寶殿、藏經閣、鐘樓鼓樓等重要建築，都陷入火海之中，大火燒了40天，只剩下幾根石柱遙望蒼天。
1936年，蔣介石到少林寺參觀，隨行的登封縣長毛汝採向他介紹了少林寺被燒的事情，蔣介石說：“石友三也夠壞了!”——這話耐人尋味，因爲有證據表明，石友三雖然也算是國民革命軍出身，但始終搖擺在各種勢力之間，最終被蔣介石派人除去。
1928年少林寺的大火，可以理解爲少林寺的一次轉折。單個人的武術再強大，也不是現代槍炮的對手，在軍閥混戰的大背景下，人命如草芥，少林僧衆也不能例外。
