《我的巴比倫戀人》大結局陳美如穿着白色裙子很開心赴約，她想好了願意獻祭自己讓慕容杰倫、歐陽文山、九天龍女回到自己的國度，他們在巫山許下了一夫一妻白首不離的誓言，陳美如閉上眼迎接屬於自己的命運，然而慕容王子卻將利刃刺向了自己，原來如果慕容王子夠愛陳美如，那麼他的血也可以打開通道，他選擇犧牲自己，而歐陽文山選擇背叛Sin和慕容合作，因爲姜蕙真很在乎陳美如，他寧願他們消失回不去故鄉也不想讓姜蕙真難過。
之後慕容王子的血帶着他們回到了巴比倫，慕容成爲新一代的王，歐陽文山決定跟隨，兩人真正成爲摯友(鰥夫思念戀人的共同語言)，九天龍女被放出水牢浪跡天涯猶如行屍走肉，現代的時間線轉到一年後，陳美如巴黎散心找到了慕容王子的痕跡。原來慕容王子便是古巴比倫的漢謨拉比，就像周杰倫的歌詞一樣“我給你的愛寫在西元前”，慕容王子將他們白首不離的誓言刻在黑色的玄武岩，如今依舊清晰可見，而陳美如也遇見了和慕容長得一樣的人。
看到這樣的劇情，很多觀衆猜測這可能是慕容王子回來了，就像很多穿越劇那樣，在現代重逢，《我的巴比倫戀人》這部劇的結局會是HE，但麪館發生的一切告訴觀衆不是這樣的。在麪館中陳美如又遇見了和慕容長得一樣的機長，但是機長沒有認出陳美如態度還很差，陳美如卑微求問筆記本，對方直接走了，說到底這對還是BE了。不過也有人說是開放性結局，可能之後陳美如還是會和機長在一起，在番外篇中機長想要租居委會大媽的房子，兩人看起來有機會。
同樣be的還有歐陽文山和姜蕙真，二舅寄給她的一個快遞，是他們戀愛時一起看星星圖案打造的面具，只有他們知道的信號，歐陽文山跋山涉水來中國埋下只爲姜蕙真可以看到。姜蕙真之前一副早就走出傷痛開啓新生活的樣子，但還是因爲這個面具破防了，帶着陳美如來到星空下，說自己不讓她提起慕容是因爲自己不敢想起歐陽文山。不過就和機長出現一樣，也有一個像歐陽文山的人出現了，居委會大媽的兒子媽寶男，似乎和姜蕙真會成爲歡喜冤家。
所以看了番外後不少人覺得這部劇是He了，但更多的人覺得還是BE了，畢竟沒有記憶的機長也不是那個慕容了，歐陽文山連性格都變了，不過就是長得一樣的人，不過是替身而已，他們再也不是那個人，真正HE的是段水流和九天龍女。在段水流被Sin幹掉之後，獨自回到巴比倫的九天龍女哀莫大於心死，一個人行走，還以爲九天龍女的結局就像小說一樣“終失所愛孤苦餘生”同樣BE了，但最後段水流出現了，原來他跟着法杖一起穿越了，找到了九天龍女。
段水流和九天龍女的HE，很好，但也很不好，因爲九天龍女值得，而段水流不值得，同時有一種諷刺感。陳美如因爲日記的事情被折磨了12年，因爲遇到慕容纔開始慢慢和小時候的自己和解，結果一朝回到解放前，痛失所愛的她又要如何走出傷痛，遇見一個長得像的機長就可以嗎?透過一個人想着另外一個人?還有姜蕙真，看似瀟灑敢愛敢恨，但失去歐陽文山也是她走不出的傷痛，認識一個截然不同的媽寶男就可以嗎?而段水流又憑什麼幸福呢?
12歲的陳美如因爲日記本被嘲笑，姜蕙真被說帶壞陳美如，而段水流呢?小時候校園霸凌的參與者，長大後因爲封號跑到陳美如公司責罵陳美如，戳陳美如的傷疤，還把氣撒在陳美如身上，因爲小說日記九天龍女的結局不好，因爲當時以爲九天龍女是紙片人，但沒有陳美如，他也遇不到九天龍女。所以這部劇結局還挺諷刺的，兩個小女孩寫出的小說日記，被折磨了12年後又有了別的傷痛，只爲成全一個男人追到他的夢中情人。
