嚴耕望治學方法嚴謹，在《治史經驗談》中便自言以“勤、恆、毅、勇、謹、和、緩、定”爲學術工作要決，又有“看人人所能看得到的書，說人人所未說過的話”的格言。
嚴先生治學方法嚴謹，他的研究向來建基於龐大的原始文獻和細密的考證，如在1956年發表的《唐僕尚書丞郎表》，他反覆考證唐代2680餘任尚書省僕尚丞郎，共1116人的詳細資料，當中發現唐代重要史籍1200多項錯處，成爲日後研究唐代歷史的重要工具書。據他的學生的憶述，嚴耕望爲不同研究課題以人手抄寫的資料卡片累積以十萬計。
嚴耕望窮畢生研究中國歷史地理，認爲這方面“尤重國計民生之大端”。他計劃在有生之年依次撰寫《唐代交通圖考》、《唐代人文地理》和《國史人文地理》三部鉅著。《唐代交通圖考》的撰寫工作自1946年開始，以考釋唐代交通路線和制度爲目標，計劃累積的資料超過十萬件，全書原定十卷，依次出版了《京都關內區》、《河隴磧西區》、《秦嶺仇池區》、《山劍滇黔區》、《河東河北區》五卷，凡1792頁，超過二百萬字，被公認是一部學術鉅著。直至他逝世，整個計劃仍未完成。
嚴先生的著作雖然精於考證，但絕不僅僅是傳統考證史學的延續，他在撰寫地方行政制度史時便參考了研究西方地方政府的專著，關注現代社會科學的新趨向。他對於宏觀歷史的觀念，與法國年鑑學派大師布羅代爾( Fernand Braudel)有不少暗合之處，他研究唐代人文地理提出的"全史"理念，與布羅代爾對16世紀地中海世界的研究有異曲同工之妙。余英時先生就曾指出，嚴先生的著作最能體現中國傳統史學向現代的轉化。
嚴耕望生性謙遜，在《唐代交通圖考》的序文中便自言：“當代前輩學人晚年著述，往往寄寓心曲，有一‘我’字存乎筆端。餘撰此書，只爲讀史治史者提供一磚一瓦之用，‘今之學者爲人’，不別寓任何心聲意識。"
嚴耕望在學術界有普遍的高度評價。如余英時在悼念文章中就稱他爲"中國史學界的樸實楷模"。
