晚清最讓皇帝頭疼是不是外患，而是內憂。在慈禧看來，外夷不過是爲了利益，可以團結利用。待大清緩過勁，仍可驅逐。而洪秀全是爲了奪權，這個沒得商量，你死我活。所以頭等大事是滅太平天國。無奈大清八旗兵徒有虛名，吃慣了祖上的俸祿，上戰場卻一個比一個熊。只有漢族官員曾國藩、左宗棠比較靠譜。他們帶出的湘軍禦敵神勇，軍紀嚴明，士氣高昂，加上通曉地理，諳熟兵法和用人之道的將才，攻城拔寨戰功連連，捷報頻傳，深得慈禧器重。
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左曾二人相比，曾聲望更大，也最爲慈禧欣賞。在朝堂之上，當着滿族文武大臣的面，慈禧對曾國藩讚不絕口。除了他的心腹榮祿外，沒有人可以得到慈禧如此之多的讚譽。太平天國剿滅4年之後，曾國藩被任命爲直隸總督。任前赴京面見幼帝和兩宮太后。慈禧與他進行了5分鐘的對話。問題尖銳，切中要害。期間，慈禧以滿漢全席款待曾國藩，席間又詢問他重建直隸海陸兩軍的計劃。
之後，天津發生屠殺傳教士事件，曾國藩被調回南京，並以身體抱恙之名請罪，請慈禧免去其兩江總督之職。慈禧堅決不允。並下詔強調兩江總督的重要性和曾國藩的幹練。“此職非曾國藩莫屬。”慈禧信任曾國藩，曾國藩也極力效忠慈禧。
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以曾國藩的學識、名望、才能和人脈，完全可以穩坐半壁江山，但當有水師統帥送來“江南半壁江山,老師其有意乎? ”的字條時，曾國藩一身冷汗，當即吞下字條，嚴斥好心的學生。曾國藩對慈禧愚忠，對晚清一直抱有“中興”希望。
1867年曾國藩進京前，他的幕僚趙文烈就悲觀預言，不出50年，清朝必亡。但曾國藩不愛聽，認爲頂多會出現歷史上政權南遷，南北分治的局面。他還贊慈禧說：“凡奏摺事無大小，徑達御前，毫無壅蔽。一女主臨御，而威斷如此，亦罕見矣。”可見他與慈禧君臣和諧，相互信任，彼此欣賞。
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現在看，愚忠也會矇蔽心智，斷送歷史大好機遇。曾國藩重新回南京時，又面見慈禧。慈禧還不無關心地詢問曾國藩身體健康狀況。適逢曾國藩60大壽，衆多朝臣紛紛送來賞賜和賀禮。慈禧也贈詩一首，並賜匾額，親自寫下“國之柱石”4個大字。同時還送他一尊佛像，一柄玉如意，一件花衣，10匹江綢和10匹輕紗。
1872年，62歲的曾國藩逝世，慈禧下旨稱其爲“朝廷股肱”，歷數一生榮譽，並下令凡其生前剿滅亂黨的地方，都要爲他立祠祭祀。慈禧與曾國藩打交道時，不過30多歲，可見這個年輕女人在統御人心、政治鬥爭中的老練。
