公元1641年以後，皇太極因身體不好，曾發佈過大赦令，也減少了處理日常事務的負擔，甚至做過祈禱。崇德八年(1643年)八月初九日，皇太極猝死於盛京後宮，年52歲。
所以，由此說來皇太極應是病死無疑了。但是關於這位一手建立了大清王朝的帝王，清代官書記載卻是“無疾而終”。但由於皇太極死的太過突然了，因此對於他的死，後世存在着許多的疑問。而人們對他的死因，也是議論紛紛，提出了許多種說法。
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第一種說法就是積勞成疾，得了慢性病。皇太極是崇德八年，完成了一天的政務後，晚上子啊清寧宮南炕突然死亡的。但據記載崇德五年，皇太極就“聖躬違和”到鞍山溫泉療養。崇德六年松山大戰前夕，皇太極本來準備親征的，後來卻因鼻衄推遲三天。
崇德七年，因“聖躬違和”，在大清門外大赦人犯;崇德八年又“聖躬違和”，不但正月初一免了慶賀禮，而且再次大赦，並向各寺廟禱告，施白金。由此可見，因爲常年征戰，勤於政務，皇太極的身體早就不好了，後來又因爲宸妃去世受了打擊，這些病一下子就爆發了。
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第二種說法是，因爲突發心腦血管疾病而死的。正史上記載：皇太極於明崇禎十六年，即清崇德八年八月初九日(1643年9月21日)在瀋陽故宮清寧宮東暖閣“端坐無疾而終”。從皇太極的畫像來看，皇太極較爲肥胖，且清初皇帝飲食大都以肉食爲主，皇太極應該患有高血壓症。另外，如網友所說，史書描述說他在大冬天行軍打仗衣服也穿的很少，今人考證皇太極很有可能是有“熱血癥”。
因此，他本來就患有肥胖症和高血壓，而宸妃海蘭珠的去世使他精神上也受到打擊，再加上戰事的緊張，由此突發心腦血管疾病。如腦出血或心肌梗死去世。
第三種說法，皇太極和宸妃感情極深。雖然兩人相差16歲，但是海蘭珠是皇太極的一生至愛。這點從許多方面都可以看出，海蘭珠居住的宮殿是關雎宮。這個含義大家應該都知道“關關雎鳩，在河之洲，窈窕淑女，君子好逑”，另封號爲宸，與元同意等等。海蘭珠死去後，皇太極常常痛苦不已，因此最後傷心過度而死。
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其他說法還有什麼去大臣家做客，被美女刺殺身亡。還有多爾袞和莊妃聯合起來，將其毒死的。這些說法都荒唐至極，沒有史料考證，不可信。而幾種最有可能的說法，都逃不掉身體和精神上的雙重摺磨，最終使這個建國帝王，丟下江山基業而死。
