三好長慶死後，十六歲的三好義繼成爲三好家家督，同時繼承了從四位下左京大夫的官位及官職、室町幕府管領代兼相伴衆等職務。他比長慶接任家督時還年長近四歲，但長慶年幼時有細川持隆擔任監護人。義繼雖然也有三好三人衆和鬆永久秀，他們卻是把他當成奪權工具，其搶手程度就連將軍都足利義輝都比不上。
而室町幕府未代管領細川氏綱一五六三年十二月二十日病逝山城澱城。十幾年來，管領一職已被早他六個多月過世的長慶徹底矮化，除頭銜好聽外再也無法吸引競爭者，這也和細川京兆家的凋零有絕對關係。
義興離奇死亡那年年底，久秀把家督之位讓給兒子久通，並受官位從五位下右衛門佐。久通的生年不詳，但總該有二十歲左右，所以久通的母親很可能不是長慶的女兒，若是如此，他就沒有三好家的血緣了。
久秀雖讓出家督，但仍然牢牢握住權力。共同輔佐義繼的三好三人衆和久秀皆是惡名昭彰之徒，也是競爭者，卻維持了大約一年四個月的合作關係，因爲雙方有共同的的敵人：劍豪將軍足利義輝。
爲什麼呢?個性強悍的義輝積極親政、借調停地方大名的衝突提升威望，從景虎、信長等人的上洛證實已發揮明顯效果。義輝不像三好義繼或細川晴元、氏綱那麼容易或甘心受擺佈，已多次與久秀和三好三人衆意見衝突。面對這麼不聽話的將軍，三人衆和久秀都有意讓他下臺，但在此之前一定得先有人選，三人衆和久秀中意的平島公方足利義維之子義榮。
然而要扶植旁系的義榮，前提是要除掉現任將軍義輝和他兩個已出家的弟弟，奈良一乘院的覺慶、金閣寺的座主周嵩，以及他們的後嗣。依照足利將軍家的慣例，沒有機會繼位將軍的兒子都會送入佛門，成爲有勢力佛寺的住持，一來避免繼承人紛爭，再者可引入佛教勢力作爲將軍家的後盾。如果將軍本人不幸早逝或沒有子嗣，再從這些出家的弟弟當中擇一作爲養子。
三人衆和久秀想必對這個下克上的計劃演練過許多次，而且也做足了關係，對朝廷進貢不少奇珍異寶，目的是希望事成之後可以杜絕來自朝廷的責難。萬事俱備，一五六五年五月十九日正午時分，三人衆和久秀父子總共約兩萬七千兵力進攻今日中京區二條通堀川的義輝居城二條御所。
義輝身邊三百多名衛士很快就被來襲大軍吞噬，義輝覺悟今日將死於這批賊人手中，便把所藏刀至於身邊殺敵，砍鈍了再拿一把，直到所有刀都鈍了。儘管義輝是新陰流高手，盡得劍聖上泉伊勢守信綱真傳，然而面對戰場上的殘酷殺戮和兩萬多名敵軍，也有油盡燈枯的時候。這位從三位參議左近衛權中將兼徵夷大將軍切腹而死，年僅三十歲。生母慶壽院殉死。
眼見將軍已死，三人衆和久秀並不滿足，繼承斬早除根，來到金閣寺追殺義輝的幼弟周嵩。生年不詳、推測年紀當在十五到二十八歲之間的周嵩和身邊的小姓逃離金閣寺時，爲小姓所殺。儘管覺慶人在奈良興福寺，久秀依舊率軍殺到。
鬆永久秀當然想一勞永逸，但一乘院是興福寺的別當，殺害覺慶即代表與興福寺的僧兵集團爲敵。即使一時間可將之擊敗，但興福寺就在久秀的領地大和境內，逞一時之快卻造成芒刺在背，實在不妥，因此久秀決定暫時將覺慶囚禁於興福寺。然而久秀再也沒有機會殺害覺慶，他和三好三人衆很快就因利益起衝突，顧不上覺慶的死活，覺慶因此而倖存。然而比起此刻死去的義輝和周嵩，覺慶日後遭受的苦難多上許多!
義輝不是第一個遭受逆臣下毒手的足利將軍。六代將軍義教一四四一年就被四職之一的赤松滿佑所弒，然而此事件與義教本身強悍刻薄的個性有關。但永祿之變卻出於三人衆和鬆永久秀的私慾，這四名完全無視君臣倫理的惡人從此擺脫不掉陰險狡詐、毫無信用等評價。
當時的日本社會，雖然下克上事件頻出，但整體而言並不允許以下犯上，加上義輝調停地方大名紛爭，長年來多有作爲，頗受好評，因此消息一傳出，各地方守護無不憤慨，三好三人衆和久秀聲望大跌，地方出現不穩的跡象。
