爲了讓朱由檢順利即位，楊漣可謂嘔心瀝血了，他晝夜不休，短短六天，鬚髮盡白，連朱由檢都感動了，多次贊他是忠臣。
然而，當楊漣看到魏忠賢等閹黨獨攬大權，殘害忠良時，他再也坐不住了。
他寫好奏摺，本打算當面揭露魏忠賢的面目，然而最後還是落到了魏忠賢的手裏。
魏忠賢利用了大字不識幾個的朱由檢，結果是魏忠賢躲過此次彈劾，罷免楊漣，並要將楊漣置之死地。
錦衣衛許顯純在魏忠賢的授意下，逼着汪文言誣陷楊漣，汪文言寧死不屈，最終被害死。
許顯純之好自己誣陷楊漣，當楊漣被抓回北京受審時，一路上百姓夾道痛苦，都“悉焚香建醮，祈祐漣生還”。
楊漣被關進了詔獄，在這裏，他被各種折磨，但每一次的酷刑，都會讓他更偉大。
首先是拷打，五天一次，每一次都要打到不能打，打到瀕死，下巴被打掉了，牙齒被打掉了，體無完膚，楊漣不說一句話；
接着是鋼刷，刷了幾次，楊漣“皮肉碎裂如絲”，想想就觸目驚心，但楊漣罵不絕口；
還有拶指（夾手指）、夾槓等等，都沒讓楊漣屈服。
栽贓沒用，那就只能偷偷殺了。
許顯純用銅錘砸楊漣的胸膛，肋骨幾乎全斷了，但楊漣沒死；
用一隻裝滿土的布袋壓着他的身子，這種方法一夜就能讓人死，但楊漣還活着；
把鐵釘釘入了楊漣的耳朵，楊漣堅強的活着；
最後，許顯純把一隻鐵釘釘入了楊漣的頭頂，楊漣當場氣絕身亡。
最後，收斂楊漣屍體的時候，已經潰爛碎了，僅得破碎血衣數片，殘骨數根。
一同被害的還有左光斗、魏大中、袁化中、周朝瑞、顧大章五人，時人稱之爲“六君子”。
但魏忠賢還是沒放過他們，爲了不讓他們死後還能說，居然把他們的喉骨挖出來燒化成灰。
