1945年，對日本領導人的戰爭罪行進行審判的機構正在緩慢形成，起訴和逮捕在難以預料的時間一波波到來。9月11日，宣佈了對第一批戰犯嫌疑人的逮捕，接着是不祥的平靜，直到11月19日第二批逮捕令發佈。12月的第一週，許多軍部高官和官僚們被添加到了“甲級”戰犯嫌疑人的行列，包括前首相近衛文和天皇身邊最親近的內大臣木戶幸一等人。12月6日，杜魯門總統任命的首席檢察官約瑟夫·基南(Joseph Keenan)，帶領40名部下抵達東京。
兩天後，麥克阿瑟爲日益臨近的審判設立了國際檢察局(IPS)。依照日本歷，這一天正是珍珠港襲擊4週年。1946年1月19日，盟軍最高司令官(SCAP)宣佈，遠東國際軍事法庭正式成立。至於哪些被告將首先被帶上法庭接受審判，直到3月11日才宣佈。審判開始於5月3日。直到此時，最高統帥部和國際檢察局在理論上仍然有可能起訴裕仁天皇的戰爭罪行。
在宮廷圈內，天皇是戰爭罪犯的觀念自然是不可想象的，但是天皇應當對戰爭和戰敗承擔一定責任的想法，卻是被認真考慮的。在最高統帥部表明其立場——堅決反對除利用裕仁之外的任何政策之前，天皇本人曾有過這樣的考慮。8月29日，在勝利者踏上這片神國的土地的前一天，天皇對木戶幸一談到了退位的問題，認爲可以將此作爲免除他忠誠的大臣和陸海軍將領們的戰爭責任的方法。木戶告知天皇這並不可取。9月中，在天皇知情的情況下，天皇的內叔父東久邇宮率內閣祕密討論其退位事宜。儘管有些閣僚力爭天皇對戰爭並不負有憲法責任，但有其他大臣強調，天皇對國家、戰死者和戰爭遺屬負有戰敗的道義上的責任。
10月的第一週，東久邇宮首相私下會見了他的侄婿裕仁，並勸其退位。東久邇宮表示，願意放棄自身的皇族地位。據稱他的提議被駁回了，理由是“時機未到”。幾周後，裕仁語調平淡地告訴他的侍從次長說，萬一退位的話，他希望找到一位有才能的研究者，協助他的海洋生物學研究(這是數年前，天皇爲樹立其真正“現代人”的形象，自己選擇的學問領域)。
1月4日，有關戰爭罪行的公衆輿論升溫，對煽動軍國主義和極端民族主義的任職者開始大範圍的“徹底的”清查。天皇讓木戶幸一的繼任者侍從長藤田尚德調查，時下最高司令部是否希望他退位。藤田對此表示反對。裕仁一直熱心於研究歷代天皇的先例，1月下旬他讓學者爲他講授宇多天皇讓位之事。宇多天皇887—897年在位，於31歲時退位。裕仁還將英王室看作是現代皇室禮儀的參考典範，讓官員扼要彙報英王退位的慣例。
天皇退位的話題很快泄露給了媒體。1945年10月下旬，近衛公爵公然提起天皇退位的可能性，然後又迫於內閣壓力發表了修正聲明，引起騷動。
近衛公爵不同尋常地直率表示，天皇在未能迴避與美國的戰爭以及未能儘早終結戰爭兩方面，都負有重大的個人責任。翌年2月27日，這一話題再次躍入公衆的視野。據《讀賣報知》報道，前首相東久邇宮向一位美聯社記者透露，最高層正在認真討論天皇的退位問題。如果裕仁自己選擇退位，將會得到皇室全體的支持。數日後，東久邇宮直接告知日本新聞界，他個人曾經敦促侄婿裕仁考慮退位的三個“適當時機”。儘管第一個時機“當投降文件簽署之時”已經錯過，另外兩個適當的時機還未到來。照東久邇宮看來，裕仁應當在憲法修正之時或是佔領期結束、和平條約締結之日考慮退位。新聞界甚至推測最有可能的是天皇之弟高鬆宮攝政，直至皇太子成人。
《讀賣報知》聳人聽聞的報道，倒是與宮內省樞密院的緊急會議上提出的觀點一致。會上，天皇31歲的幼弟三笠宮，間接敦促天皇爲戰敗負責。三笠宮力勸，政府和皇室總體上必須超脫“舊式的思考”，“於今採取大膽的行動”。厚生省大臣(後來的首相)蘆田均當時在場，他在日記中寫道，“似乎每個人都在思考”三笠宮的話，而“天皇陛下憂慮的臉色從未如此蒼白”。
儘管如此憂慮，天皇顯然大約正是此時決定不退位。他對侍從次長木下道雄說，他懷疑任何人有資格接替他的位置。他的三個兄弟，高鬆宮曾是公然的“參戰派”，秩父宮體弱多病，三笠宮太年輕缺乏經驗(三笠宮現年31歲，比裕仁1921年攝政時的年齡大11歲)。天皇告訴木下，他遺憾叔父不大注意面對新聞界的言辭。
政治和思想領域的著名人士們，開始發言支持天皇退位。新近任命的東京帝國大學校長、自由主義者、基督教教育家南原繁，在總體上對天皇制進行了善意的評價，但是主張裕仁應該因道義原因退位。輔佐近衛起草明治憲法修正案的保守的憲法學者佐佐木忽一，也以道義的理由贊成天皇退位。嚴格的保守派哲學家田邊元，對佛教概念“懺悔”進行了深入的闡釋，希望天皇引退而成爲貧與無的象徵。他還敦勸將皇室財產用於救濟貧困的人。
對裕仁退位最轟動的公開呼籲，是著名詩人三好達治的一篇文章。這篇文章發表於1946年6月號的《新潮》雜誌。三好達治解釋說，他並非是認同東京戰犯審判的支持者們對戰爭責任的看法，即天皇對侵略和暴行負有直接的、政策決定上的責任，但是也不接受天皇支持者們所推出的熱愛和平而又無助的仁慈君主的形象。他強調說，問題在於，“這並不僅是戰敗的責任問題”。三好以不同尋常的強硬口氣，譴責天皇“對自身職責甚爲怠慢”，並且“負有對戰場上爲他捐軀的忠良將士背信的責任”。
三好宣稱，天皇曾是大元帥，卻未能制止軍閥者流的橫行。天皇以家長的口吻呼臣民爲“赤子”，卻驅策明知道將會失去控制的陸海軍士兵赴死。作爲國家元首，他現在應當由自己承擔起這場災難的責任，樹立道德的典範。天皇在戰時的統率，無論在大勢判斷、臨機應對、起用人才、體察民情，還是把握時機終止戰爭方面，都是無能的。既然天皇已經宣佈自己不是“現人神”，那麼他現在就應當像個凡人那樣退位。
假使佔領軍當局選擇敦促裕仁退位的話，顯然不會有任何不可逾越的障礙存在。天皇近側的人士也承認這一點。而且可悲的是，公衆將如同接受戰敗本身那樣，輕易接受天皇的退位宣言。保守派則會將天皇的退位正當化，並且藉此對天皇制的道義的高潔再次加以確認。天皇制民主仍然會在新君主的統治下發揚光大，而裕仁悲慘的昭和時代(如此反諷的命名，“昭和”兩字原本意味着“光輝與和平”)將會落幕，“戰爭責任”問題則會顯得一片光明。
當然，麥克阿瑟及其助手對局勢有不同的理解，並且對日本方面表明了自己的立場。11月26日，原海軍大將、總理大臣、天皇的心腹米內光政，懇請麥克阿瑟對天皇退位發表見解，最高司令官回覆說，此舉並無必要。
一個月後，宮中與最高司令部之間的日本聯絡官報告說，民間情報教育局(CI&E)局長戴克(Dyke)准將建議，爲轉移公衆注意，天皇可以離開東京，將宮廷移到京都。十九世紀中葉以前，那裏一直是皇家的傳統地盤。翌日，三位與民間情報教育局有關係的日本人，給侍從次長木下道雄帶來了一份值得注意的、長長的備忘錄，總結了戴克准將有關“皇室的問題”的見解。文件開篇就坦率主張，維護天皇對於建設民主的日本是絕對必要的。
1946年3月初，侍從次長被告知，菲勒斯將軍擔心天皇周圍的“可笑之人”，給予天皇壞的建議。這大概不僅是指皇室的異端人物東久邇宮和三笠宮，還包括給天皇安排關於宇多天皇退位與英國國王退位講義的宮廷顧問們。菲勒斯告訴米內大將，“非美國的思想”正甚囂塵上，甚至在美國上層，要求逮捕裕仁接受戰犯審判的呼聲依然具有影響力。
3月20日，菲勒斯邀請寺崎英成、寺崎的妻子(菲勒斯的堂姊妹)格溫(Gwen)和他們的小女兒晚宴。飯後，身爲天皇近侍的寺崎，直率地詢問麥克阿瑟對天皇退位的想法。菲勒斯先是指出自己不能爲麥克阿瑟代言，然後強調說，麥克阿瑟是天皇“真正的朋友”。他告訴寺崎，麥克阿瑟將軍近來已經知會華盛頓方面，假使天皇被起訴，日本將陷於混亂，屆時就需要大幅度增加佔領軍的規模。即使天皇對戰爭負有“技術上的”責任，他仍然抱持這樣的觀點。至於說到退位，可能還會圍繞繼位的各種問題引發混亂。因此，菲勒斯相信麥克阿瑟不希望裕仁退位。寺崎詢問，最高司令官是否可以公開表達自己的立場，以制止新聞界“不謹慎的所謂天皇退位論”，從而使日本國民感受到“烏雲”散去，重見“天日”。菲勒斯迴應說，這將甚爲困難。
菲勒斯向天皇的近侍透露的，是麥克阿瑟發給美國陸軍參謀長艾森豪威爾(Dwight nhower)將軍的機密電報的要旨。在這封迴應華盛頓要求調查天皇戰爭責任的電報中，麥克阿瑟全力以赴地爲天皇辯護。1月25 日，最高司令官致電艾森豪威爾，“調查已經實施”，未發現過去10年間裕仁與日本的政治決策相關聯的證據。麥克阿瑟將天皇描述爲“日本國民團結的象徵”，並且警告說，如果天皇被起訴，日本將遭受“極大的動亂”、“分裂”，“數百年都難以完結的……民族間的仇殺”。政府機構將會崩潰，“開明的實踐將會停止”，遊擊戰將會打響，引進現代民主的所有希望將會破滅。而一旦佔領軍離去，“將會由被損害的大衆中產生某種共產主義路線的強力統治”。
在戰犯審判正式開始之前，最高統帥部、國際檢察局(IPS)和日本官僚們在幕後操作，不僅防止裕仁被起訴，而且歪曲被告們的證詞，以確保沒有人會牽涉到天皇。原海軍大將和首相米內光政，遵照菲勒斯的建議，顯然警告過東條英機不要以任何方式歸罪於天皇。然而，這種決定審判性質的日美協作還遠不止此。日本宮廷和政府的高官與最高司令部協作完成戰爭嫌犯名單，最終以“甲級”戰犯嫌疑逮捕百名著名人士(其中僅有28人被起訴)，並且在公判期間監禁於巢鴨拘留所，讓他們獨立宣誓保護其君主不負任何戰爭的責任。1947年12月31日，這種緊密維持的日美協同作業，爲東條英機的法庭證言所證實。東條暫時偏離了天皇無辜的既定協議路線，提到了天皇的最終決定權。美國主導的“檢察當局”立即做出安排，祕密指導東條，讓其撤回證言。
這些將天皇剝離於任何戰爭責任的努力，超出了天皇自身的期望，導致失去了利用他澄清歷史記錄的機會。
成功赦免天皇戰爭責任的行動毫無限度。裕仁不僅以無辜的面目出現，擺脫了任何可作爲戰犯起訴的正式行爲，他還被打造成了近乎聖潔的人物，甚至對戰爭不負有道義責任。
對於思慮更深的內部人士來說，這樣的實用主義就更令人苦惱。例如，在1946年初寫給杜魯門總統的長篇報告中，美國國務院駐東京代表喬治·艾切森(George Atcheson)直率地陳述他的主張：“天皇是個戰爭罪犯”，而且“如果日本想要實現真正的民主，就必須廢除天皇制”。儘管如此，艾切森也相信，在當前的局勢下，維持天皇制、免除裕仁的戰爭責任，才能避免社會的混亂和最好地發揮民主。他大膽進言，天皇退位可能是將來的善策，但是最好推遲到憲法修正實現之日。
此後不久，艾切森就在一次飛機失事中殞命，沒能見證後來的天皇退位風波。儘管1946年9月日本政府正式宣佈天皇現時無意退位，但是他退位的可能性在此後兩度重現。1948年，當東京審判臨近判決之時，天皇的道義責任問題被舊事重提。
美國人照常要壓制天皇退位的主張。1948年7月，儘管菲勒斯已經退休，並且於一年多之前就離開了日本，他還是火速給寺崎寫了一封私人信函，表達他對“美國新聞頻繁言及陛下退位”的警戒。
天皇的心腹老友木戶幸一曾經告訴他要一直準備着的時刻。木戶在1945年12月離別天皇入獄之時強調說，皇室的榮譽，要求裕仁負起敗戰的責任，但是隻有當佔領軍撤退、和平條約締結、日本恢復主權之日，纔是履行責任的適當時機。1951年10月，仍在服刑期間的木戶幸一，在日記中記錄了他曾經給天皇寫信，重申以上觀點。他忠告說，退位是“服從真實”的行爲。它將安慰包括被處刑的戰犯家人在內的戰爭遺屬，並且“對以皇室爲中心的國民團結做出重大的貢獻”。木戶寫道，如果天皇未能把握此次時機，“最終結果將是唯獨皇室不承擔責任，這將導致莫名的情緒滋生，可能會種下永久的禍根”。
木戶幸一對天皇的戰爭責任的見解，與大多數日本人一樣，是內心的真實想法。天皇應當“爲戰敗”承擔責任。他應當清算曆史，並向以他之名發動的戰爭中受苦、死去或失掉親人的臣民謝罪。以此方式，他將會清除在日本歷史上最恐怖的時期中沾染在天皇寶座上的血跡。
然而時運往復，這次並沒有麥克阿瑟這樣的鐵桿兒人物撐腰。11月，消息傳回木戶那裏，天皇正認真考慮退位，並且再次受到周圍人士的鼓勵。結果什麼也沒有發生。在迎接盼望已久的主權迴歸的致辭中，天皇表明了他繼續在位的意向，絲毫也沒有提到他個人的戰爭責任，儘管在原先的文本中包含了“朕爲敗戰的責任向國民深爲致歉”的表示。爲何謝罪的言辭最終被刪除?因爲，據說天皇被一位顧問的巧妙設問所說服：“現在陛下還何須以如此強烈的語氣謝罪呢?”
